Uważa się, że monastyr św. Pantelejmona został zbudowany kiedy do Ohrydu przyjechał św. Kliment z chęcią odrestaurowania starej cerkwi. Wielu archeologów wierzy, że sam św. Kliment zaprojektował i brał udział w budowie klasztoru. Według różnych źródeł św. Kliment był niezadowolony z wielkości cerkwi i w związku z tym zdecydował się na powiększenie budowli, której następnie nadał jako patrona św. Pantelejmona. Kliment osobiście wybudował kryptę w środku klasztoru, w której został pochowany po swojej śmierci w 916 roku. Grób ten istnieje do dnia dzisiejszego.
Św. Kliment wraz z Naumem z Preslav używali nowo wybudowany monastyr jako budynek o charakterze liturgicznym i miejsce do uczenia cyrylicy i głagolicy, wszystko to w celu chrystianizowania Słowian. Można powiedzieć, że przekształcili oni swój monastyr w uniwersytet.
W XV wieku Turcy otomańscy przekształcili klasztor w meczet, ale na początku XVI wieku zezwolili na odbudowę zrujnowanych cerkwi i monasterów. Dzięki temu klasztor św. Klimenta mógł być również odbudowany. Monastyr został ponownie zniszczony pod koniec XVI lub początek XVII wieku kiedy to wybudowano następny meczet nazywany Meczet Imaret istniejący do 1999 roku.
Monaster znajduje się na górze znanej jako Plaosznik (Плаошник) wznoszącej się nad jeziorem Ohryd. Monastyr św. Klimenta został wybudowany obok pozostałości po rzymskiej, pięcionawowej bazylice, której pozostałości można do dziś oglądać obok klasztoru. Wnioskując z architektonicznego stylu i konstrukcji budynku, naukowcy twierdzą, że św. Kliment chciał by budynek służył jako szkoła piśmiennicza, przez co jest uważa się iż był pierwszym i najstarszym niekontynuowanym uniwersytetem w Europie.
Fasada klasztoru jest ozdobiona dużą ilością wspaniałych i drobiazgowych mozaik. Obok znajduje się również kamienna chrzcielnica używana do chrzczenia uczniów.
Klasztor niedawno przeszedł znaczącą rekonstrukcję zaczętą w grudniu 2000 roku. Cerkiew została zrekonstruowana w pełni do sierpnia 2002 roku. Większość z reliktów została przywrócona do cerkwi. Zrekonstruowane zostały częściowo zniszczona dzwonnica, która znajduje się po prawej stronie klasztoru i marmurowe podłogi we wnętrzu cerkwi. Rekonstrukcja była prowadzona w taki sposób by jej efekt końcowy przypominał o oryginalnej, duchowej atmosferze monasteru. Wszystko zostało wykonane ręcznie przy użyciu tych samych materiałów, z których była zbudowana cerkiew. Maszyny były użyte tylko by wyczyścić i wypolerować wnętrza.
Pierwsze prace wykopaliskowe były przeprowadzone w 1943 roku przez profesora Dimche Koco. Podczas wykopalisk odkryto we wnętrzu klasztoru podziemne tunele i krypty. Późniejsze prace miały za zadanie odkryć pozostałości zachowane pod klasztorem, włączając w nie ruiny bazyliki rzymskiej, która kiedyś znajdowała się tam.
Podczas prac w październiku 2007 roku na teranie monastyru odkryto magazyn z 2383 monetami weneckimi. Wybitny macedoński archeolog Pasko Kuzman stwierdził, że monety mają wyjątkowe znaczenia historyczne, gdyż potwierdzają współpracę handlową między Ohrydem i Wenecją.
Prawosławni Macedończycy zbierają się na Plaoszniku aby brać udział w liturgii i świętować Wielkanoc, Boże Narodzenie i inne święta religijne.